Coordonné par le Professeur Christophe Borg avec le soutien du Docteur Romain Loyon, le groupe «Biomarqueurs» organise son activité scientifique autour de deux axes de recherche translationnelle :

• l’identification d’antigènes permettant de cibler les tumeurs,
• la compréhension des mécanismes présents dans le microenvironnement tumoral contrôlant la réponse immunitaire adaptative.

Ces deux axes sont aujourd’hui des enjeux majeurs pour le développement d’immunothérapies efficaces. 
A partir des observations cliniques et des enjeux pour les patients, le groupe réalise des analyses biologiques et précliniques pour aboutir aux développement d’immunothérapies. 

Ainsi, l’équipe a récemment mis en place l’essai clinique VolATIL (NCT03946358) dans lequel les patients atteints de cancers HPV+ sont traités par un vaccin peptidique issu d’antigènes de tumeurs en combinaison avec un anti-PD-L1. 

Ce schéma de travail est rendu possible grâce au caractère pluridisciplinaire du groupe et à une structuration autour des expertises de chacun. Il s’appuie également sur les plateformes de l’unité ainsi que sur les nombreuses cohortes de patients déjà constituées et disponibles. 

Les travaux s’appuient également sur de fortes collaborations avec d’autres équipes Bisontines et Suisses.

Principales thématiques de recherche :
Axe 1 : Identification d’antigènes et modulation du profil des lymphocytes T infiltrant les tumeurs pour le développement d’immunothérapies
Les rétrovirus endogènes (HERV) présents dans notre génome sont régulés et très peu exprimés dans les conditions physiologiques. Cependant, ils peuvent être ré-exprimés lors du dérèglement épigénétique associé à la cancérogénèse et représentent ainsi une source d’antigènes potentielle. 

L’expression de ces HERV dans les cancers est étudiée grâce à des analyses bioinformatiques d’études transcriptomiques. Les réponses immunitaires T dirigées contre ces HERV ainsi que les propriétés de « biomarqueurs » de ces HERV sont également étudiées.

• Le cancer est capable de réguler les profils de différenciation de lymphocytes T CD4 et Trm dans le microenvironnement tumoral. Ainsi, un programme d’étude de différenciation TH1/TH17 et Trm dans les TILs a également été mis en place.

Axe 2 : Identification des mécanismes intratumoraux mis en place par les fibroblastes modulant l’activité anti-tumorale

• Les cellules tumorales sont capables de moduler leur environnement et notamment les fibroblastes présents dans les tissus voisins. Le groupe cherche à comprendre comment le TGF-β contrôle certains sous-types de CAF et comment ces CAF peuvent moduler le microenvironnement tumoral, notamment lors de traitements par chimio-immunothérapie.